Un día, el Reino de las Setas fue invadido por los Koopa, una tribu de tortugas famosas por su magia negra. El tranquilo pueblo fue convertido en piedra y ladrillos, y el reino de los champiñones se fue a la ruina. La única que puede deshacer el influjo mágico de los Koopas es la Princesa Toadstool, hija del Rey Champiñón. Desafortunadamente, ella está en las garras del Rey de los Koopas, Bowser.

Mario, el héroe venido de la superficie, escucha las llamadas de socorro de la Princesa Toadstool, y junto con su hermano Luigi se dispone a rescatarla.

Una noche, Mario soñó en una tierra donde, los subcon, hadas pacíficas pedían ayuda debido a que un tirano llamado Wart había invadido la tierra de Subcon y que las había encarcelado en un florero y que el punto débil de Wart eran los vegetales. En ese momento Mario se despierta.

Al día siguiente, en una comida campestre con Luigi, Peach, y Toad; Mario les cuenta su sueño misterioso. Sus amigos le convencen de que sólo ha sido un sueño. Después de comer, encuentran una cueva inusual con una puerta roja en ella, lo cual llama la atención a Mario. Era la misma puerta que había visto en su sueño. Él mismo decide abrirla, revelando la tierra de sueños.

Todos pensaban que Bowser había salido del reino de las setas hasta que un día llegó en un Barco volador. El Rey Koopa había vuelto con el peligro más grande hasta el momento ¡sus hijos: Iggy Koopa, Morton Koopa Jr, Lemmy Koopa, Ludwing Von Koopa, Roy Koopa, Wendy O. Koopa y Larry Koopa y habían secuestrado a la Princesa Peach y arrebataron las varitas a los reyes. Ahora Mario y Luigi deberán recuperarlas y salvar a la Princesa Peach.

Algo va mal en las alcantarillas de Brookyn. Por alguna razón muchos monstruos están saliendo por unas tuberías y están por todas partes de la ciudad. Sólo unos expertos fonteneros, Mario y Luigi, podrán liberar su ciudad natal de estas criaturas a través de niveles infinitos en solitario o en modo cooperativo. Dos años después, Mario fue acompañado por su hermano Luigi, el juego arcade fue realizado a manera de spin-off de Jumpman, tras su primeriza participación donde era un carpintero.

El Dr. Mario, dejará caer cápsulas en una botella y deberá alinear estas cápsulas para conseguir derrotar a los virus que campan a sus anchas. Las cápsulas tienen dos partes, y cada una de estas partes, así como los virus, puede ser de uno de estos tres colores: azul, amarillo o rojo por lo que se pueden tener hasta 6 combinaciones distintas.

Dr. Mario deberá ir rotando y alineando de forma que 4 o más bloques (que pueden ser virus, o partes de cápsulas) del mismo color en la misma fila o columna para exterminarlos. El nivel concluye exitosamente al ser eliminados todos los virus de la botella o bien desafortunadamente cuando no puedan entrar más cápsulas al quedar bloqueado el cuello de la botella.

Yoshi es un juego de puzzles y acción en el que el dinosaurio de Mario, Yoshi y otros enemigos familiares como los pequeños goomba o blooper. Una vez más, Mario tendrá que luchar para rescatar a Yoshi, quien ha sido aprisionado en un huevo. Si los bloques de enemigos son los mismos, desaparecerán. Si son diferentes, seguirán en el lugar en el que cayeron. Si la pantalla se llena, el jugador pierde. El concepto del juego está inspirado en el Tetris.

El objetivo del juegos es el que Mario mezcle y emparejar las galletas. El jugador controla un cursor que usa para deslizar las filas "de un cuadrado (una plaza)" solo de galletas individuales en un método similar al Cubo de Rubik. El objetivo es crear las líneas para emparejar galletas, que entonces desaparecen de la pantalla.

En el Modo Aventura el objetivo es durar el mayor número de tiempo, mientras que el Modo Puzzle debes limpiar la pantalla en el número de movimientos.

Golf es el primer juego de deportes que Mario toma parte. No es común que un juego tan viejo de NES pudiera ser jugado en la Nintendo Playchoice-10. El golfista en el juego es realmente Mario, a pesar de que lleve camisa y pantalones deporivos.

Un juego simple, donde hay una pelota y en la parte izquierda de la pantalla se puede ver el agujero donde se ha de meter y los obstáculos que hay interponiéndose entre tú y el hoyo. Se obtienen más o menos puntos según el número de veces que se golpea la bola para introducirla en el agujero.