- Pueblo Goomba: La familia de Gombario vive ahí. También hay un hotel Toad. El árbol cercano a la casa de Gombario tiene nueces Goomba. En un bosque cercano Mario fue hallado inconsciente, y trasladado al pueblo. En la parte de atrás hay un camino y una zona de arbustos, donde Mario encuentra el martillo.
- Camino Goomba: Este camino une pueblo Goomba con Ciudad Toad. En mitad del recorrido encontramos una fortaleza construida por el rey Goomba. Mario tendrá que derrotarlo junto a Goomba rojo y Goomba azul.
- Casa de Mario: Se llega a través de una tubería que hay en la entrada a Ciudad Toad. Luigi es a menudo el encargado de cuidar de la casa. Podemos ver las estadísticas en Paper Mario, recuperar PC y PF, leer las cartas del buzón y cotillear en el diario de Luigi que hay en el sótano.
- Castillo de Peach: Está situado al norte de Ciudad Toad.
- Ciudad Toad: Es la ciudad más grande del reino Champiñón y su capital. Podemos encontrar dos tiendas, el emplazamiento del castillo de Peach, la casa del sabio T.Russ, el Dojo Karate, un cartel de noticias, la casa de Merlón, la oficina de correos, un Hotel Toad, la entrada a Campos Floridos, la tienda ambulante de medallas de Rolf y Ralf, la casa de la cocinera T. Tayce, la entrada a Bosque Eterno, la entrada a las alcantarillas, una granja de cerditos, una sala de juegos, la estación de tren, un puerto, un restaurante, la entrada a la caja de juguetes y varias casas habitadas por familias. En Paper Mario, durante el capítulo 4 los Shy Guys llegarán a la ciudad: Robarán algunos objetos y causarán un caos en algunos lugares.
- Túneles de Ciudad Toad: Una red de túneles que ocupan el subsuelo de la ciudad. Encontraremos algunos enemigos y tuberías que permitirán de atajo para los principales pueblos del Reino Champiñón. También está la entrada a Ciudad Escalofrío y la puerta trasera de un almacén donde por 64 monedas podrás comprar un ítem a Rip Truco sin saber hasta que pagas qué será.
- Sendero agradable: Este sendero está situado al este de Ciudad Toad, y llega hasta la fortaleza de los Hermanos Koopa. En mitad del camino encontraremos unos bastones de caramelo muy misteriosos, y la entrada a Pueblo Koopa. Al terminar el capítulo 5 en Paper Mario, Kent C. Koopa se instalará en el camino, cerca de la entrada e impedirá el paso a Mario.
- Pueblo Koopa: Un pueblo habitado principalmente por koopas, aunque se instalarán los Bob-omb huidos de la fortaleza de los Hermanos Koopa. En Paper Mario, al inicio del capítulo 1 el pueblo sufre la invasión de los Fuzzys, que robarán los caparazones de los Koopa. En los arbustos del pueblo se pueden encontrar las llamadas Hojas Koopas. El pueblo está compuesto principalmente por un Hotel Toad, una tienda, una casa con una radio (donde se puede escuchar música y realizar algunos concursos), la casa del arqueólogo Kolorado, la de nuestro compañero Kooper y la de Koopa Kot que mandará a Mario una serie de recados.
- Fortaleza de los Hermanos Koopa: En ella se hallan los hermanos Koopa que retienen a la primera estrella. También encontramos a los bob-omb encerrados, a los cuales se les explotaba laboralmente.
- Monte Escarpado: Es una montaña muy agreste y accidentada, y se llega a través del tren de Ciudad Toad. Aquí se inicia el capítulo 2. En este monte encontramos a Parakarry el cartero (al cual Mario ayudará encontrando sus cartas) y Guaka (una criatura que si Mario golpea recibe un Chichón, que recupera 25 Puntos de Corazón y 25 Puntos de Flor), están en peligro de extinción así que no hay que abusar de sus chichones. También hay un buitre llamado Buzzar que preguntará a Mario cómo se llama antes de atacar.
- Desierto Seco-Seco: Es un inmenso y árido desierto. Al final de este encontramos Puesto Seco-Seco. En el desierto encontraremos remolinos que alejan a Mario del camino principal, Bandidos que le roban monedas, un oasis donde encontramos árboles que dan una lima y un limón. En mitad del desierto se hallan enterradas las legendarias Ruinas Seco-Seco. El arqueólogo Kolorado ha instalado su base de operaciones a la entrada del desierto.
- Puesto Seco-Seco: Es un pequeño poblado en el desierto con muchos habitantes, principalmente los sequís y los nomas raton. Encontramos un hotel, una tienda (con los precios más bajos de todo reino Champiñón), la casa del compositor, la casa de un Noma Raton que contará a Mario secretos sobre el desierto, la casa de Moustafá, y el puesto de Merlí que lanzará hechizos de suerte a Mario.
- Ruinas Seco-Seco: Ruinas que se hallan enterradas en mitad del desierto. Gracias a la piedra radar que Moustafá proporciona a Mario, será capaz de localizarlas y desenterrarlas. Dentro está Tutankoopa, con su servidor Chomp, que retiene la segunda estrella de Paper Mario.
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Bosque Eterno: La luz del sol no suele alcanzar el suelo de este denso bosque. Dicen que la mansión Boo se encuentra en su interior. Para encontrar el camino correcto Mario deberá encontrar el misterio de cada zona. También dice T.Russ que además de un camino normal existe un camino secreto.
- Mansión Boo: Espeluznante y tétrica mansión donde viven muchos Boo. Afuera podemos encontrar un arbusto que proporciona Hoja Extraña. En el sótano encontramos una tienda, y en una de las habitaciones hay un jarrón que transforma a Mario en aspecto de 8 bits, con la música clásica de Mario Bros. También en otra de las habitaciones hay un fonógrafo, en el que si se pone el Disco también se podrá escuchar la música clásica de Mario. La señora del castillo es Lady Bow, que acompañará a Mario en la aventura, y vive con Ambrosio en la habitación más alta.
- Barranco Borrascoso: Árido y ventoso lugar que une la mansión Boo con el castillo de Tubba Blubba. Por el camino encontramos Molino Ventoso (donde se encuentra al alma de Tubba Blubba) y un pueblo habitado por fantasmas. A los boo les gusa merodear por la zona.
Pueblo Boo: Zona de transición y sin ninguna importancia. Todas las casas están en ruinas, y los Boo viven allí. Tubba Blubba hace visitas al pueblo para comerse a los fantasmas.
- Castillo de Tubba Blubba: Se encuentra en la cresta de Barraco Borrascoso. Dentro encontramos los Tubbas, que son los guardianes, que les gusta dormirse en el trabajo. Cuando Mario encuentre la llave del molino que le desvela el secreto de Tubba Blubba deberá escapar del castillo.
- Caja de juguetes Shy Guy: Se trata de una caja de juguetes que te adentra al mundo de su interior. Para poder movernos entre las estaciones necesitamos un tren de juguete. Hay que devolver los objetos robados a Ciudad Toad y derrotar al General Guy y sus tropas. En esta caja encontraremos un Anti Guy, que vigila un cofre. En el caja de juguetes es en el único lugar de Reino Champiñón donde podemos encontrar un preparado para hacer tartas.
- Jungla Jade: Cubre la mayor parte de la Isla Lavalava, y se encuentra cubierta por todo tipo de extrañas plantas. Raphael Raven vive en el árbol mas alto de toda la jungla y ayudará a Mario a acceder al volcán.
- Pueblo Yoshi: Aquí viven los Yoshis, y su cuidadora Sushie. En cuanto Mario llega, los niños planean la travesura de esconderse en la jungla. En este pueblo encontramos un hotel y una tienda. Las palmeras de la zona dan cocos.
- Monte Lavalava: En este volcán se encuentra a Lava Piraña que custodia la 5ª estrella. Kolorado acompañará a Mario para conseguir un tesoro. Tras conseguir la estrella habrá una erupción y Mario y Kolorado tendrán que escapar.
- Campos Floridos: El único lugar para entrar es a través de la puerta del jardín de Ciudad Toad, dando a su cuidadora 4 semillas especiales. Dentro hay una máquina que no para de fabricar nubes y hacer que el sol nunca salga. Mario necesitará plantar una judía para acceder a las nubes donde se encuentra Huff Puff.
- Escala Nublada: En este lugar se halla Huff N. Puff que retiene a la 6ª estrella.
- Ciudad Escalofrío: Población situada en el lejano norte y habitada principalmente por pingüinos. En esta ciudad tenemos una tienda, un hotel (tras dormir en él encontraremos el item patata helada). Encontraremos la casa del escritor Herringway, un lago congelado, un almacén y la casa del alcalde y su mujer al final del pueblo.
- Campo nevado escalofrío: Camino nevado que une Ciudad Escalofrío con Valle de las Estrellas. En el centro encontramos una zona con muñecos de nieve que abre el camino hacia la montaña Escalofrío.
- Montaña Escalofrío: Tiene un sendero que une el Campo Nevado con el Palacio de Cristal, el cual se sitúa en la parte más alta. En mitad de la escalada hay un recinto sagrado de las estrellas.
- Palacio de Cristal: Es un recinto que fue construido con el objetivo de poder ver las estrellas. En este palacio se encuentra el Rey Cristal, que tiene retenido a la 7ª y última estrella.
- Cima Estrella Fugaz: Dicen que es el lugar más cercano a Refugio Estelar. Una vez Mario ha reunido las siete estrellas deberá subir a la cima que le llevará hasta el refugio estelar. En la base de la montaña viven los hermanos Merlú y Merluli.
- Camino Estelar: Un camino compuesto de estrellas que une Cima estrella Fugaz en el refugio estelar.
- Valle de las estrellas: Los niños estrella nacen en este centelleante valle. T.Frost y los Ninji cuidan de los niños recién nacidos. También hay un hotel Toad y la casa de Merlé.
- Refugio Estelar: Lugar donde viven las estrellas que tienen la función de cumplir los deseos de la gente. Encontramos una tienda, y un hotel regentado por una estrella (será el único hotel del juego no regentado por un Toad). También está el santuario estelar donde las siete estrellas permitirán a Mario volar hacia el castillo de Boswer.
- Castillo de Bowser: En Paper Mario se encuentra en el cielo, y por encima de él está el castillo de Peach. Dentro hay varias cárceles donde los invitados a la fiesta están secuestrados, y varios almacenes donde se venden objetos. En este sitio nos encontraremos de nuevo con los Hermanos Koopa, pero estos serán derrotados por Junior Troopa.
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