Los Koopa Troopa aunque denominados normalmente como koopas, son el tipo de Koopas más comunes, son de un grado inmediatamente más elevado que el de los goombas y se desplazan por el suelo. Son tortugas que poseen un caparazón que puede ser de diferentes colores, normalmente rojo y verde. Los Koopa Troopas rojos nunca se caen cuando llegan al borde de un precipicio, en cambio los verdes sí. Al ser pisadas se esconden dentro de su caparazón, excepto en Mario World y Mario World 2 en los que salían de él. A parte de los koopas que trabajan en el ejército de Bowser existen otros que trabajan de banqueros y/o vendedores de objetos, Koopa the Quick que te reta a una carrera, otros viven pacíficamente en un pueblo, etc.

Los Koopa Paratroopas o Para Koopas son Koopa Troopas con alas. La mayor parte de ellos son soldados de ejército de Bowser. Tienen la capacidad de saltar o volar. Los hay de distintos colores aunque los más habituales son los rojos y los verdes: los primeros se mueven verticalmente y los segundos horizontalmente. Si caes encima de uno, éste perderá las alas y la habilidad de volar. Paratroopa es un personaje controlable en juegos como "Mario Kart DD!" y/o "Paper Mario" en el que el Koopa Paratroopa Parakarry (cartero) es uno de tus compañeros.

Los hermanos martillo (Hammer Brothers) son unos koopas que llevan puestos una armadura y un casco y son unos de los enemigos más difíciles de batir. Normalmente te encuentras a dos de ellos subidos encima de plataformas y te arrojan martillos dando saltos para cortarte el paso aunque algunos los puedes encontrar en el suelo. En Mario Bros 3 ya te podías encontrar nuevos koopas como los Boomerang Bros que arrojan boomerangs y los Hermanos Fuego que lanzan bolas de fuego a Mario/Luigi. También hay unos de gran tamaño que al saltar y caer al suelo provocan un terremoto que si les afecta les inmoviliza temporalmente. En dicho juego Mario podía llevar el traje de los hermanos martillo que le permitía arrojar martillos. En juegos como Mario Superstar Baseball y Mario Smash Football se pueden controlar.

Los Magikoopas son una parte muy poderosa del ejército de Bowser que practican la magia negra. Para ello usan una varita mágica que les permite lanzar rayos de gran alcance y realizar conjuros. Cada Magikoopa tiene unas habilidades, pero casi todos pueden teletransportarse en distancias pequeñas rápidamente (algo que usan para evitar ser golpeados) y muchos pueden volar en escobas mágicas. Con el entrenamiento apropiado un Magikoopa puede ser capaz de transformar objetos en enemigos (los cuales son leales a Bowser), curar o curarse, dar muchísimo poder a sus aliados y de cambiar su tamaño. Los Magikoopas llevan puestos trajes de magos de color azul, usan gafas opacas y una varita. Con el tiempo, los Magikoopas han ido usando trajes de distintos colores para separar las filas y el tipo de magia dentro del ejército de Bowser.

Uno del más Magikoopas más antiguos y posiblemente el más poderoso es Kamek que es el guardián de Bowser cuando éste era pequeño (posiblemente su padre adoptivo) y debía ser vencido para rescatar a Bebé Luigi y a la cigüeña. Posiblemente el enemigo más poderoso al que se ha enfrentado Yoshi dado que él usaba una magia más avanzada, siendo capaz de usar espectaculares hechizos, causando terremotos y bloquear el progreso de los Yoshis haciendo crecer gigantescamente a los enemigos. Sus esbirros más fieles son los Toadies que parecen una versión en miniatura de él y trataban de llevarse a Bebe Mario. Bowser lleva actualmente como guardaespaldas a la magikoopa Kammy Koopa a la que no tolerará ni un error.

Los Koopatrols son la élite de los soldados del ejército Koopa, hicieron su primera aparición en Paper Mario y posteriormente también en sus secuelas. Aparecerían de nuevo en Super Mario Ball en el interior del castillo de Bowser. Estos guerreros pertenecen al rango más elevado en el castillo de Bowser. Muchos Koopa Troopas sueñan con llegar a ser Koopatrools. Su aspecto físico es similar a los Koopa Troopas pero llevan una intimidante armadura de pinchos.

No obstante, en Paper Mario 2: La puerta Milenaria están un tipo de Koopatrols con la armadura de morada y los ojos rojos, son los Koopas más fuertes que existen en el juego. El primero en encontrarse se llama Koopinator, en el coliseo de Ciudad Dojo. Es el último luchador a batir antes de la batalla contra Rawk Hawk.

Un Koopa Troopa puede volar una vez que se ha puesto la capa mágica. Parece como si este tipo diera a Mario con capa un combate aéreo. Pero mira el lado bueno... si saltas sobre uno que lleve una capa intermitente, conseguirás una capa de pluma.

Estos Koopas únicamente han aparecido en Super Mario Word, no tienen caparazón y la mayor parte de ellos aparecen en el primer nivel de la Llanura del Donut y en el Puente de Queso. Los hay de tres tipos, con la capa roja, amarilla e intermitente y suelen coger carrerilla entes de volar.

Bowser Jr., conocido también como Bowsy es el octavo niño de Bowser y posiblemente el heredero para ocupar el trono de Bowser. Bowser Jr. es posiblemente el hijo más joven de los ocho que tiene y el favorito de su padre. Bowser Jr., por otra parte, cuenta en los planes de Bowser e incluso se ha convertido en el auténtico antagonista y comparte el sueño común de su padre de acabar con Mario. El malvado Rey Bowser incluso llega a expresar emociones tiernas hacia su hijo que rara vez se ven.

Bowser Jr. no es Baby Bowser, quien es la versión joven de su padre Bowser. Sin embargo, en Mario & Luigi: Compañeros en el tiempo, el personaje de Baby Bowser estaba basado en el de Bowser Jr. Además, Bowser Jr. no es un Koopa Kid, que también son llamados Minibowsers, y que aparecen en la saga de Mario Party. Incluso, no forman parte de los Koopalings.

Lakitu es una raza parecida a la de los koopa troopa. Lleva siempre un caparazón verde, el cuerpo naranja o amarillo y unas grandes y gruesas gafas. Se desplaza encima de una nube que va a gran velocidad. Su papel más habitual es el de lanzar spinies, que son tortugas con pinchos, aunque posteriormente también te lo puedes encontrar con su caña de pescar en los juegos de Mario Kart, como el cámara en Super Mario 64, incluso como compañero en Paper Mario. A partir de Mario World, Mario podía robarle la nube y subirse en ella, había Lakitus que aparecían en tuberías, incluso llevando fantasmas en su caña de pescar. En New Super Mario Bros, un Lakitu era el enemigo final del séptimo mundo. Lakitu es uno de los enemigos que ha ido apareciendo desde sus orígenes y en muchos juegos, aunque su aspecto prácticamente no ha sufrido cambios.

Huesitos (Dry Bones), conocidos también como Koopas Esqueletos son versiones esqueléticas de los Koopa Troopas posiblemente hechizados por la magia de Bowser. Estos aparentemente muertos Koopas caen destrozados tras saltárseles encima (las bolas de fuego no les afectan), Sin embargo se reconstruyen así mismos de forma que no parece que les hubiera ocurrido nada, tras un cierto periodo de tiempo.

Hizo su primera aparición en Super Mario Bros 3, se le podía encontrar en las fortalezas, la única forma de derrotarlos consistía en saltar sobre ellos. No obstante, en Super Mario World, su siguiente aparición, podía reconstruirse a pesar de ser golpeado con una estrella. En New Super Mario BROS. hay un Huesitos de gran tamaño llamado Super Huesitos (Super Dry Bones).

En Mario Superstar Baseball Huesitos hice su debut como personaje jugable. Fue introducido como un personaje técnico que formaba parte del equipo de Bowser. Sus colores eran: blanco (por defecto), rojo, verde y azul. Desde entonces Huesitos a pasado a ser un personaje controlable en un gran número de juegos como Mario Kart e incluso en la saga Mario Party, a partir de Mario Party 7.

Jr. Troopa es un joven Koopa que nunca ha abandonado su cáscara de huevo desde que nació. Es un matón a quien le gusta molestar a otros niños. Vive cerca del Pueblo Goomba donde tiene su territorio al cual Mario llega para buscar un martillo y la muñeca de Goombaria. Jr. Troopa descubrió que Mario había entrado en su territorio y le desafía a un combate. Humillado por perder, perseguirá incansablemente a Mario por todo el Reino Champiñón para enfrentarse a él. Troopa Jr. se tiene el donde de cruzarse con Mario en los momento menos oportunos e intentará derrotarle. Tras cada derrota sufridan regresa con nuevos poderes y más fuerza: como un cáscara más resistente, un par de alas que le permiten volar, un aguijón en la cabeza y una barita mágica. En el último combate combina todos sus ataques por lo que se convierte en un enemigo a temer.

A juzgar por la escena de créditos de Paper Mario, Troopa Jr parece ser rival de Kammy Koopa al verlos enfrentándose con sus respectivas varitas mágicas. Aunque Troopa Jr. es un Koopa luchador no pertenece al ejército de Bowser. En Paper Mario 2: La puerta milenaria hace un cameo al aparecer en el fondo de la foro que T. Zip envía a Mario vía e-mail.

Los Mechakoopas son uno de los esbirros de Bowser. Son una versión mecanizada de los Koopa Troopa. Quedan paralizados momentáneamente cuando son golpeados, momento en el que se les puede da una patada o lanzarlos, no obstante no se pueden lanzar tan lejos como en el caso de los Koopa Troopa ya que son más pesados. De todos modos, son aparentemente invencibles, ya que, al igual que Huesitos se recuperan del golpe tras unos momentos.

Su primera aparición fue en Super Mario World en el castillo de Bowser. En la lucha contra Bowser, éste los lanzaba desde su Clown Copter. Para vencerlo, Mario y Luigi debían devolvérselos y tirándoselos en su cabeza para derrotarle. Los Mechakoopas tienen una lleve para darles cuerda y caminan de forma rítmica, como un juguete.

Los Koopa Kids son aliados de Bowser y sólo han aparecido en la saga de Mario Party. Son conocidos también por Mini-Bowsers y Baby Bowser en Mario Party 2 y Mario Party 3. Los Koopa Kids son la versión en miniatura del Bowser original y muy parecidos a Bowser Jr y Baby Bowser.

En un principio apareció uno solo en Mario Party 2, su función consistía en quitar cinco monedas a todo aquél que pasaba por delante de él, aunque a veces se equivocaba y te daba cinco monedas. En Mario Party 3 rivalizaba con Toad a la hora de vender los ítems, unos ítems bastante diferentes a los que Toad vendía. Aunque por lo general su rol principal ha sido el de aguar la fiesta de Mario y sus amigos. Posteriormente, en Mario Party 5, aparecieron otros dos Koopa Kids que se diferenciaban los unos a los otros por sus colores (verde, azul y rojo) y cuyo nombre dependía de esos colores. En el mismo juego podías controlar a uno de ellos.

Tutankoopa, cuyo nombre está compuesto por la palabra "Koopa" y el faraón del antiguo egipto "Tutankamon" (nombre acorde a su apariencia) es el jefe del segundo capítulo de Paper Mario y tenía prisionera al segundo espíritu estelar. Es el guardián de las antiguas ruinas enterradas bajo la arena de Desierto Seco-Seco y tratará de ahuyentar a todo aquél que ose profanar las Ruinas Seco Seco . Es una especie de Magikoopa debido a sus habilidades mágicas, la cabeza de Chomp que está en su corona de faraón, similar a la de Jeperesh) parece tener vida propia. Parece ser que Tutankoopa tiene un esbirro llamado King Tut, uno de los jefes de Super Mario Ball.

Durante la batalla acostumbra a emplear ataques de magia, arrojar caparazones de Buzzy Bettle, o avisar a sus mascotas, los Chain Chomp, puede caer al suelo si lanza su magia contra él por descuido, su magia también le permite levitar. Tras derrotarlo, lo persigue su mascota. En el desfile de personajes de los créditos se ve cómo el Chomp Cadenas deja de perseguirlo un momento, y posteriormente son tres de ellos quienes lo hacen.