Wario comenzó siendo un amigo inseparable de Mario en la infancia terminó convirtiéndose en un temible villano que le arrebatará sin compasión el castillo de su antiguo amigo en Mario Land. En Mario and Wario, Wario vuela en un aeroplano durante las batallas que tiene Mario (Yoshi o la Princesa Peach) contra los jefes y antes de comenzar un nivel, tirándole al protagonista un cubo u otro objeto similar para que no pudieran ver. Una hada llamada Wanda tiene que dirigir las víctimas a Luigi, quien puede quitarle el cubo. Wanda lucha contra Wario en una batalla, en la que éste está conduciendo un aeroplano.

Kammek, un Magikoopa adivino era el vigilante de Bowser y es de los enemigos más poderosos. Kamek gracias a su barita mágica puede realizar varios trucos de magia, como la autoduplicación, teleportation, lanzando ráfagas mágicas y aumentando el tamaño de otras criaturas.

Apareció como antagonista principal en Super Mario World 2: Yoshi's Island donde trata de secuestrar a Baby Mario y Baby Luigi, los cuales están destinados a ser la pesadilla de la familia Koopa en el futuro. Teniendo éxito en sólo la captura del Bebé Luigi, Kamek y sus esbirros, los Toadies, tratan de robar a Bebé Mario de la protección de los Yoshis a lo largo de la aventura en la isla. Antes de cada batalla contra un jefe, Kamek aparece y otorga grandes poderes a un simple enemigo y a la vez le aumenta considerablemente su tamaño para hacerle luchar contra Yoshi. Según la historia de Yoshi's Island posiblemente fue él el causante de que Bowser siguiera la senda del mal.

El rey de los Koopas, el enemigo más temido por todos los habitantes del Mushroom Kingdom, Es conocida de sobra su intención se invadir el reino y uno de sus métodos más utilizados ha sido el de secuestrar a la princesa Peach obligando a Mario a tener que intervenir y de ese modo hacerle caer en sus trampas. Es el autor intelectual de los casi todas las trastadas que ha sufrido Mario.

Gracias a él, los koopas ganaron mala reputación en el reino, aunque pero poco a poco se ha notado que son algunos los revoltosos. Los koopas buenos viven pacíficamente en pueblos como Pueblo Koopa o Villa Verde pero los demás son unos nómadas cazarecompensas a la orden del Rey Bowser. Ha caido en lava, ya ido a dar a abismos eternos, volado por los cielos pero simepre regresa. Nadie sabe cuando cumplirá su próximo ataque.

Donkey Kong, el primer enemigo de Mario hizo su primera aparición con él Donkey Kong Arcada en 1981. Jumpman (nombre por el que se conocía a Mario) debía subir un rascacielos en construcción hasta arriba de todo para alcanzar a Donkey Kong y rescatar a su novia Pauline de sus garras. Donkey Kong trata de frenar su progreso lanzándole barriles y otros obstáculos a Mario. Donkey Kong aparecería de nuevo en Donkey Kong Jr, donde Donkey Kong está aprisionado en una celda por Mario y su hijo Donkey Kong Jr debía rescatarlo.

El enemigo final en Super Mario Bros. 2. Wart es una rana gorda, que lleva una corona en la cabeza y un traje de rey que deja ver su gran barriga. Posee grandes poderes y se hizo con el control del Mundo de los Sueños. En Super Mario Bros. 2, Mario tiene un sueño en el cual una voz le pide ayuda. La voz explica que Wart ha asumido el control Subcon, la tierra de sueños. Mario y sus amigos van al rescate y se enfrentan finalmente a él, le consiguen derrotar aprovechándose de la alergia de Wart a los vegetales.

En Yume Koujou Doki Doki Panic!, Wart secuestra al hermano y a hermana más jóvenes de una familia árabe a través de un libro de cuentos encantado. Los héroes de este juego, los hermanos Imajin y Lina y padres Mama y Papa, se enfrentan a Wart de forma similar.

Un ser procedente del espacio exterior que atacó al reino de Sarasaland con la intención de casarse con la princesa Daisy y de esa forma hacerse con el reino en Super Mario Land para Game Boy. Aparece también como jefe final en la "Zona Espacial" de Super Mario Land 2 en ambos encuentros se le puede ver montado en una nave espacial llamada Pagasus.

Tatanga aparece también en los cómics de Game Boy publicados por Valiant que formaban parte de Nintendo Comics System en 1990. Allí, había una cambio significante en su apariencia.

Xenón (Sir Grodus en la versión de USA)es el líder de una malvada banda llamada Mega X, cuya misión es raptar secuestrar a la princesa Peach para recuperar el tesoro que abrirá la Puerta ;ilenaria. La base del equipo se encuentra en un lugar de la Luna, y para ello deben reunir los cristales estelares. Xenon pensó:

Cuando tenga ese poder en mis manos sumiré el mundo en el terror más absoluto. No habrá nada y nadie que pueda detenerme. ¡Tendrán que rendirse sin remedio! Y entonces aprovecharé para construir un nuevo mundo ¡Un mundo perfecto, ideal y maravilloso concebido por mí y ante todo... Para mí!

Xenón suele usar unos protectores que le defienden de los ataques, especializado en muchos tipos de magia ofensiva y defensiva, acostumbra a arrojar truenos y recargar protectores en su batalla en el Palacio de la Oscuridad en Paper Mario 2. Tras la batalla entre Mario y Xenon, Mario tubo que pelear con Bowser y Kammy Koopa, y Xenon aprobechó para llevar a Peach al cuarto de la Reina de las sombras donde al liberarla éste le dio la orden de acabar con Mario y en vez de obedeserlo la Reina de las Sombras destruye a Xenon. No acaba con él dado que una vez terminado el juego se puede comprobar que Xenon sigue vivo pudiendo vivir sin el uso de su cuerpo, por lo que no se descarta que pueda ser un robot. Maneja el fuego, hielo y el trueno al igual que el trio de las sombras.

Hay dos princesas que provocan el caos en Paper Mario 2: Compañeros en el tiempo.

Princesa Shroob: Es la princesa alienígena de los Shroobs, criaturas de otro planeta que invadieron al Reino Champiñón del pasado en Mario & Luigi: Compañeros en el tiempo. Su objetivo también era apoderarse del Reino Champiñón del presente, algo que Mario y Lugi junto con Baby Mario y Baby Luigi deben impedir.

Princesa Shroob Mayor: La hermana mayor de la Princesa Shroob Menor. Es como ella, pero mucho más musculosa. Cuando derrotan a su hermana, resultó que ésta estaba encerrada en la Estrella Cobalto, y reunieron los fragmentos sin saberlo. Gracias a eso se liberó. En su segunda forma usa su corona para transformarse pasando a ser enorme y con tentáculos en lugar de brazos y piernas.

El Rey Boo hizo su primera aparición en Luigi's Mansion para Game Cube encerrando a Mario en un cuadro y enfrentándose a Luigi por recuperar a Mario. Aparecía con una corona similar a una sortija con un enorme rubí y con la lengua azul. Dicho aspecto se modificó, pasando a ser la corona a la de un rey cristiano del medievo y la lengua cambiada de color por un rojo suave para los otros juegos en los que aparecería de nuevo como son: Super Mario Sunshine, Super Mario 64 DS, Mario Kart: Double Dash!! y Mario Kart DS, siendo en este último muy parecido a un Gran Boo con corona.

También tiene un tablero en Mario Party 8 de Wii y para conseguir una estrella debes encontrarle y pagarle diez monedas.

La Bruja Jijí es una bruja que practica la magia negra en el Reino Judía. Ayudada por el Esbirro Jijí logran robar la voz de la Princesa Peach para obtener el poder de la Judía Estelar que permite conceder deseos. La leyenda del Reino Judía asegura que sólo alguien con una voz hermosa puede activar las energías misteriosas de la Judía Estelar.

El deseo y esperanza de la Bruja Jijí no es sino utilizar esta energía con el fin de conquistar el Reino Judía y acto seguido el Reino Champiñón. Sus planes, sin embargo, no cumplen sus objetivos. El Maestro Kinopio y los Toads se habían percatado de la trampa que les tenía preparada la Bruja Jijí y decidieron anticiparse cambiando a la Princesa Peach por Birdo, de esa forma la voz que robaron fue la de Birdo. Una voz que al ser oída por la Judía Estelar provoca que ésta se enfurezca y no conceda ningún deseo.

Es un viejo demonio que habitaba la Puerta Milenaria. El enemigo final de Paper Mario 2: La Puerta Milenaria. Xenón lo despertó de su sueño eterno para conquistar al mundo y necesitaba una ofrenda por esa razón secuestró a la princesa Peach y el espiritu tomó el cuerpo de Peach para renacer. Casi mató a Xenon porque éste le habia dado la orden de destruir a Mario, pero la Reina de las Sombras es un espiritu indomito y no toleraba que la tratara como una esclava. Cuando ella ve a Mario le propone ser su sirviente a lo cual Mario debe oponerse, a continuación se inicia el enfrentamiento. En el combate contra Mario la Reina de las Sombras se torna inmortal y resulta imposible vencerla hasta que los cristales estelares entran en escena.

Un ser procedentes de otra dimensión. Es el principal villano de Super Mario RPG, tiene muchos siervos a su servicio y parece ser completamente invencible. Toma como base de operaciones el castillo de Bowser, haciendo que Bowser se enfade por haberle usurpado su castillo y se unirá a Mario para recuperarlo. Es grande, gordo y barbudo. Su plan es apoderarse de las 7 estrellas para así crear un mundo lleno de armas y violencia. Para eso está creando un ejército de billones de androides y así invadir el mundo de Mario.

Smithy fue nominado como Mejor Villano en el 1996 Nintendo Power Awards y recibió el tercer puesto, detrás de Bowser por Super Mario 64 que ocupó el segundo lugar. Boba Fett de Star Wars: Shadows of the Empire obtuvo el primer puesto.